Consiliul ştiinţific reprezintă organul consultativ al Institutului, ales, prin vot secret, de adunarea cercetătorilor știinţifici titulari ai Institutului, pe un termen de 4 ani, din rândurile cercetătorilor Institutului, precum şi din exterior. Consiliul este format din 4 membri. Din componența Consiliului științific fac parte din oficiu directorul, secretarul științific, membrii titulari și membrii corespondenți ai Academiei de Științe a Moldovei.
Consiliului știinţific îi revin următoarele atribuţii: stabileşte direcţiile de perspectivă ale activității Institutului; organizează autoevaluarea activității Institutului, a rezultatelor activităţilor desfăşurate în cadrul proiectelor de cercetare, a unităţilor structurale științifice şi a celei desfășurate de fiecare cercetător ştiinţific, aprobă raportul de activitate științifică pe proiectele de cercetare și raportul de activitate al Institutului; alege în funcţie, prin concurs, conducătorii unităţilor structurale științifice; examinează şi aprobă programele de lucru din cadrul proiectelor în derulare, precum și a programelor de activitate managerială în conformitate cu politica de stat în domeniile cercetării și inovării; examinează probleme ce țin de modificarea structurii Institutului, distribuirea și utilizarea mijloacelor financiare alocate pentru activitatea de cercetare-dezvoltare; examinează probleme privind colaborarea ştiinţifică cu organizaţii similare naţionale şi internaţionale; evaluează și aprobă/refuză recomandări privind publicarea lucrărilor ştiinţifice; alege redactorul-şef şi colegiul de redacţie al ediţiilor ştiinţifice fondate de Institut; recomandă lucrări și candidaturi pentru decernarea premiilor, distincțiilor naționale și internaționale; aprobă teme și proiecte de cercetare la profilurile Institutului, confirmă conducători/coordonatori/consultanți/în domeniu; aprobă rezultatele evaluării interne a cercetătorilor științifici; înaintează candidaturi pentru alegerea în calitate de membru titular și membru corespondent al AŞM; recomandă candidaturi pentru conferirea titlurilor ştiinţifice, ştiinţifico-didactice și onorifice.
COMPONENȚA CONSILIULUI ȘTIINȚIFIC
1. MEREUȚĂ Ion, dr. hab. șt. med., prof. univ., Președinte al Consiliului Științific al IFS (director al IFS);
2. СIOCHINĂ Valentina, dr. șt. biol., conf. cerc., Vicepreședinte al Consiliului Științific al IFS (director adjunct pentru activitatea științifică al IFS);
3. POLEACOVA Lilia, dr. șt. biol., Secretar al științific al Consiliului Științific al IFS, reprezentantul tinerilor cercetători (secretar științific al IFS);
4. FURDUI Teodor, dr. hab. șt. biol., prof. univ., academician;
5. STRUTINSCHI Tudor, dr. hab. șt. biol., conf. cerc.;
6. BALAN Ion, dr. hab. șt. biol., conf. univ.;
7. ȘEPTIȚCHI Vladimir, dr. hab. șt. biol., conf. cerc.;